Nella seconda stagione Lois e Clark affrontano una crisi di coppia e Jonathan affronta nuove sfide nel football. Alcuni segreti minacciano la relazione tra Jordan e Sarah, mentre Chrissy si adatta con fatica al ruolo di proprietaria della Smallville Gazette, insieme a Lois. Lana è sempre più coinvolta nel ruolo di candidato sindaco, ma Kyle è preoccupata.

Clark Kent/Superman e Lois Lane tornano a Smallville per affrontare una delle missioni più difficili dei nostri tempi: essere genitori. Devono infatti crescere i due figli Jonathan e Jordan, in attesa di scoprire se erediteranno i poteri del padre. Ma due malvagi incombono nella loro vita e metteranno a dura prova i superpoteri ormai assopiti.