En la tercera temporada, Clark y Lois trabajan juntos en la Smallville Gazette y disfrutan de la vida en la pequeña ciudad. Sin embargo, el equilibrio entre el trabajo y la vida de Lois se pone a prueba cuando una misión encubierta revela un enemigo mortal que promete cambiar a la familia Kent para siempre. Mientras tanto, los Kent se ven arrastrados en direcciones opuestas: Jordan descubre lo que significa realmente ser un superhéroe y Jonathan busca un propósito más allá del campo de fútbol. En medio de toda esta agitación, John Henry es perseguido por el pasado de su doppelgänger, lo que lleva a consecuencias peligrosas para él y Natalie.

Tras un final de temporada tres lleno de acción y dramatismo, la familia Kent continúa su lucha contra sus mayores enemigos en la próxima temporada final. Con Lois todavía recuperándose de su batalla contra el cáncer y Lex Luthor y su representante Bizzarro convertido en Doomsday todavía una amenaza para Smallville y Superman, los espectadores se quedan en vilo en medio de esta épica batalla intergaláctica en el espacio.